互联网药品信息服务资格证书的办理流程如下：

1. 准备材料：申请表、企业法人营业执照副本、互联网药品信息服务备案通知书、互联网药品交易服务备案通知书、负责人身份证明等。

2. 在国家药品监督管理局网站上下载并填写《互联网药品信息服务资格证书申请表》。

3. 将申请表和相关材料寄送至所在省级药品监督管理局。

4. 省级药品监督管理局审核材料，如发现问题，将告知申请人并要求补充材料。

5. 审核通过后，省级药品监督管理局将材料转交国家药品监督管理局审批。

6. 国家药品监督管理局审批通过后，颁发互联网药品信息服务资格证书。

7. 申请人收到证书后，需在国家药品监督管理局网站上进行备案注册，并且在证书有效期内进行年度审核。

以上就是互联网药品信息服务资格证书的办理流程。如有疑问，请咨询所在省级药品监督管理局或国家药品监督管理局。