是的，胶原蛋白办理巴西ANVISA注册过程中，可能会进行GMP考核。

GMP（Good Manufacturing Practice，良好生产规范）是确保药品生产过程符合法规要求的重要标准。在胶原蛋白办理巴西ANVISA注册过程中，ANVISA可能会对企业的生产设施、设备、生产工艺、质量控制等方面进行GMP考核，以确保产品的合规性和安全性。

如果企业在这些方面存在不符合GMP要求的情况，可能会导致注册申请被拒绝或需要进一步整改。因此，在办理胶原蛋白的巴西ANVISA注册前，企业应该全面评估自身的生产能力和条件，确保符合巴西的GMP要求，并提前进行必要的整改和准备。

需要注意的是，具体的考核要求可能因产品特性和巴西ANVISA的要求而有所不同。因此，在开始之前，建议详细了解巴西ANVISA的法规和要求，并咨询机构或认证机构，了解具体的考核要求和流程。