企业申请境外投资备案的发起主体较为多样。首先，投资主体为两个以上共同开展境外投资的，应当由相对大股东在征求其他投资方书面同意后办理备案；如果各方持股比例相等，应当协商后由其中一方办理备案。例如，国内两个以上投资主体，如一方持股相对较大，可由其在取得其他投资方同意后进行备案申请。同时，企业境外投资项目存在多个投资主体时，一般由投资额较大的一方在征求其他投资方书面同意后提出核准、备案申请；若各方投资额相等，则需协商一致后由其中一方提出核准、备案申请。

境外投资备案审核的时间因多种因素而有所不同。一般来说，从收到企业资料大概在 3 个月左右，如果中间没有太多变数的前提下。具体流程如下：首先准备申报材料，比较复杂的是前期情况说明报告（可研、尽调、投环）、境外投资备案表、并购事项前期报告表等，一般准备材料 7 - 15 个工作日可完成；接着申报材料签字盖章，需要 2 - 3 个工作日；然后进行线上申报，目前发改委和商委均实现无纸化办公，1 个工作日即可；之后是受理环节，发改委申报到受理时间各地不一，3 - 20 个工作日不等，商委申报到受理时间各地也不一，3 - 7 个工作日不等；再进入审核阶段，发改委审核一般 7 个工作日，别可能 4 个工作日，商委审核一般 7 个工作日；若有需要修正的情况，根据政府修改意见进行修正，时间不定；后出证，获得发改委《境外投资项目备案通知书》及商务部《企业境外投资证书》1 个工作日，并且获得上述证书后进行外汇登记，审核时间 7 - 20 个工作日（建议多预留时间）。

境外投资备案不同层级审批存在一定差异。《商务部境外投资管理办法》重点指出，主要管理企业境外投资，其中金融企业不属于商务部管理。除限制性项目外，地方企业境外投资项目由省商务主管部门备案，央企境外投资项目由商务部备案。敏感项目纳入审批管理，其他情形实行备案管理。敏感国家和地区是指与中华人民共和国未建交的国家、受联合国制裁的国家等。敏感行业是指涉及中华人民共和国出口限制的产品和技术的行业以及影响一国（地区）以上利益的行业。如果同一海外投资项目有多个中国投资者，由投资后持股比例较大的中国投资者牵头备案。《企业境外投资证书》有效期为 2 年，企业自领取证书之日起两年内未在境外投资的，证书自动失效。另外，境外企业名称不得使用 “中国”“中华” 等字眼。

境外投资备案变更需要根据不同情况提交相应材料。当涉及境外企业增（减）资的情况时，企业需要提交：原《企业境外投资证书》复印件、《境外投资备案表》或《境外投资申请表》、营业执照复印件、相关董事会或内部决议、境外投资真实性承诺书、涉及增资的，还须提交投资资金来源说明。若境外投资属于核准类情形，还须提交申请（主要包括投资主体情况、增加 / 减资事由说明等）。涉及投资主体变更的情形，受让方须提交原企业对外投资证书复印件、境外投资申请表或境外投资备案表、营业执照复印件、受让方有关董事会决议或内部决议、境外投资真实性承诺书。若境外投资属于核准类情形的，还须提交申请（主要包括投资主体情况、投资主体变更事由说明等）。此类境外机构的变更，参照上述规定执行。