腺病毒载体的构建经历了体外直接连接、包装细胞内重组、细菌内重组、位点特异性重组4个发展阶段，同时随着分子生物学技术的发展，改进的体外连接法又得到应用。
体外连接法。这种方法需要全长腺病毒基因组和一个含腺病毒基因组左末端序列的质粒，包括左端反向末端重复(Inverted terminal repeat，ITR)、包装信号和E1A的增强子序列。将目的基因克1隆到质粒的病毒序列下游，ClaI酶切获得含目的基因的基因组左末端，连接到ClaI酶解的野1生型腺病毒基因组(ClaI在病毒基因组仅有一个酶切位点，位于E1A基因内部)，腺病毒载体，将得到的含目的基因的的基因组DNA直接转染包装细胞293，产生重组病毒颗粒。这种方法需要培养野1生型腺病毒以提取病毒基因组，能够使用的酶切位点仅有一个，连接效率低，而且仅删除了部分E1A基因，外源基因载量有限，所以现已淘汰不用。
典型的腺病毒载体系统如：穿梭质粒pCA13/腺病毒基因组质粒pBHG11/包装细胞293细胞。pCA13/的HCMV IE启动子－多克1隆位点－SV40 AN（poly A）构成外源基因的表达盒，该表达盒的插入使腺病毒E1基因缺失，但是保留其两端侧翼序列（左侧的1~3bp的ITR，右侧从3.5kb到末端的维持病毒装配和活力必须的蛋白IX的基因），也保留了腺病毒的包装信号
φ（194~358bp）；pBHG11则保留了腺病毒基因组的绝大部分，但是缺失了包装信号φ、0.5~3.7图距（mu）部分的E1区、77.5～86.2mu的E3区，293细胞是整合有Ad5 E1基因的人胚shen细胞系。pBHG11因为缺失包装信号及E1区而不能copy，pCA13带有包装信号及E1的侧翼序列，但是缺失E1区及腺病毒绝大部分基因组，同样不能copy。外源目的基因插入pCA13后，与pBHG11共转染，进入293细胞。pCA13与pBHG11在细胞内发生同源重组，同时，293细胞提供E1蛋白，从而包装产生腺病毒颗粒。该病毒的蛋白质外壳同野1生型腺病毒相似，具有同样的感1染力进入靶1细胞的能力，但是基因组DNA的E1区被外源目的基因取代，即进入靶1细胞后病毒不能copy，但可以表达目的蛋白。
农杆1菌转化法在植物遗传转化中的应用：过去认为受农bacillus宿主范围限制，农bacillus介导的遗传转化只限于双子叶植物。1987年Grimsly首先将玉米条斑病毒的cDNA克1隆至质粒上，用农bacillus侵染的方法将玉米条斑病毒的cDNA导入玉米，使植株表现了系统感1染症状。这个报道有力地证明了农bacillus能够侵染玉米这种单子叶植物。随着载体系统和转化方法的改进，农bacillus介导的遗传转化不再局限于双子叶植物，在一些单子叶植物如水稻、玉米和小麦等重要的农作物上也相继获得成功。
进入20世纪90年代后，农杆1菌转化法在水稻、玉米等重要的农作物上取得突破性进展。首先是1991年Gould和Shen等利用农bacillus转化玉米茎尖分生组织获得转基因植株。1998年Lupotto也实现了农bacillus转化玉米的成功，Southern杂交结果显示外源基因能够稳定遗传到下一代。
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