酶切图谱
图谱介绍：DNA限制性内切酶酶切图谱，又称DNA的物理图谱，它由一系列位置确定的多种限制性内切酶酶切位点组成，以直线或环状图式表示。在DNA序列分析、基因组的功能图谱绘制、DNA的无性繁殖、基因文库的构建等工作中，建立限制性内切酶图谱都是不可缺少的环节，近年来发展起来的RFLP（限制性的片段长度多态性）技术更是建立在它的基础上。
构建方法：构建DNA限制性内切酶图谱有许多方法。通常结合使用多种限制性内切酶，通过综合分析多种酶单切及不同组合的多种酶同时切所得到的限制性的片段大小来确定各种酶的酶切位点及其相对位置。酶切图谱的使用价值依赖于它的准确性和准确程度。
制作过程：在酶切图谱制作过程中，为了获得条带清晰的电泳图谱，一般DNA用量约为0.5-1μg。限制性内切酶的酶解反应zui适条件各不相同，各种酶有其相应的酶切缓冲液和zui适反应温度（大多数为37℃）。对质粒DNA酶切反应而言，限制性内切酶用量可按标准体系1μg DNA加1单位酶，消化1-2小时。但要完全酶解则必须增加酶的用量，mRNA切割酶，一般增加2-3倍，甚至更多，反应时间也要适当延长。
非特异性内切酶鉴定
为鉴定非特异性内切酶污染，限制性内切酶与缺少该酶识别序列的超螺旋DNA底物温育。对于RF I型DNA(超螺旋形式)，一个单一的非特异性缺口就会将它转变成RF II型DNA(带缺口环状)。小份的限制性内切酶与1μgDNA在50μl反应体系中，采用推荐的NEBuffer，在推荐的温度下温育4小时。两种形式的DNA在琼脂糖凝胶上很容易区分，可以计算出从RF I 到 RF II的转化率。
限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点上，并切割双链DNA。它可分为三类：
Ⅰ类和Ⅲ类酶在同一蛋白质分子中兼有切割和修饰（甲1基化）作用且依赖于ATP的存在。Ⅰ类酶结合于识别位点并随机的切割识别位点不远处的DNA，而Ⅲ类酶在识别位点上切割DNA分子，然后从底物上解离。
Ⅱ类由两种酶组成： 一种为限制性内切核酸酶（限制酶），它切割某一特异的核苷酸序列； 另一种为独立的甲1基化酶，它修饰同一识别序列。Ⅱ类中的限制性内切酶在分子克1隆中得到了广泛应用，它们是重组DNA的基础。绝大多数Ⅱ类限制酶识别长度为4至6个核苷酸的回文对称特异核苷酸序列（如EcoRⅠ识别六个核苷酸序列：5"- G↓AATTC-3"），有少数酶识别更长的序列或简并序列。Ⅱ类酶切割位点在识别序列中，有的在对称轴处切割，产生平末端的DNA部分片段（如SmaⅠ：5"-CCC↓GGG-3"）；有的切割位点在对称轴一侧，产生带有单链突出末端的DNA部分片段称粘性末端，如EcoRⅠ切割识别序列后产生两个互补的粘性末端。
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