不能支付的应付款项，不需要缴纳增值税，但是需要缴纳企业所得税。
财税[2016]36号文附件1第一条规定，在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。
同时，第九条规定，应税行为的具体范围，按照本办法所附的《销售服务、无形资产、不动产注释》执行。
而在《销售服务、无形资产、不动产注释》中找不到“不能支付的应付款项”相关规定，同时也不属于《增值税暂行条例》规定的销售货物、提供修理服务等增值税应税范围。
因此，企业不能支付的应付款项，不属于增值税的应税范围，是不需要缴纳增值税。
《企业所得税法实施条例》第二十二条规定，企业所得税法第六条第(九)项所称其他收入，是指企业取得的除企业所得税法第六条第(一)项至第(八)项规定的收入外的其他收入，包括企业资产溢余收入、逾期未退包装物押金收入、确实无法偿付的应付款项、已作坏账损失处理后又收回的应收款项、债务重组收入、补贴收入、违约金收入、汇兑收益等。
因此，对于确实无法支付的应付款项，应作为企业所得税的应税收入（其他收入），计入当期的应纳税所得额，按照规定计算缴纳企业所得税。