首先最大的一个区别就是单抬头和双抬头将决定了你财务做账方式。如果你不知道是选单抬头还是双抬头的话，可以先问财务需要什么样的做账模式。
01. 采用双抬头申报进口
1、进口代理公司就是收发货人，而实际买方公司就是货物的使用消费单位
2、进口代理公司只是为实际买方公司做代付代货款和代缴税费，海关进口关税或进口增值税缴款书将由实际买方公司拿去抵扣，货款费用由实际买方公司的财务做往来款入账，其中包括代理委托协议、付款水单凭证、外商采购合同等，进口代理公司仅为实际收货公司开具清关费和代理服务费的发票。
3、如果报关报检等产生的清关费用发票为0税率普票，那么进口代理公司则另开增值税发票则需要补交税金。
02. 采用单抬头申报进口
1、进口代理公司不仅是收发货人，而且还是货物的使用消费单位。
2、进口代理公司为实际收货公司开具全额增值税专用发票，其中包括货款、清关费用、进口关税、进口增值税等费用。除了海关的进口增值税由进口代理公司抵扣，其他因开增值税专票而产生的税费差额将由实际收货公司来承担。
综上所述我们不难看出，双抬头模式也就是代理模式，进口代理公司作为实际收货公司的进口代理商，以代理模式进口；单抬头模式可以理解为进口代理公司向国外厂商买货，国内贸易销售给实际收货公司，贸易模式进口。
总的来说两种方式在操作上没有特别的影响，也不会增加客户的进口成本。