1.企业应对照“高新技术企业认定管理办法”和“高新技术企业认定管理工作指引”进行自我评价，认为符合条件的，开始着手申报。
2.登录“高新技术企业认定管理工作网”→“企业申报”进行注册登记（已注册的无需重复注册）或登录“福建省网上办事大厅”→定位“厦门市”→搜索输入“高新技术企业认定”→“立即办理”→“访问第三方网站”登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填报《高新技术企业认定申请书》，并上传相关证明材料。
3.企业按照“厦门市果家级高企认定/重新认定申报材料清单”准备申报材料。市高企认定办（市科技局）向市高新协会购买服务，由其承担申报材料的辅导咨询和纸质申报材料受理等工作。
4.按照不同的技术领域，市高企认定办从专家库中抽取4名行业技术专家和1名财务专家组成认定专家组对申报企业进行评审。
5.高企认定办将专家意见汇总整理，专家评审合格的企业，认定办成员单位将组织进行联合审查、实地核查，符合条件的企业拟上网公示。
6.拟认定的果家级高新技术企业，在国家“高新技术企业认定管理工作网”上公示10个工作日。
7.公示期有异议的申报企业，由市高企认定办组织专家组、成员单位开展调查核实，如核实企业不符合高企认定条件，将不予上报国家备案。
8. 公示期满后，报全国高新技术企业认定管理办公室备案，待国家高企认定管理办公室批复后，由市高企认定办三家成员单位市科技局、市财政局、市税务局联合颁发认定文件、高新技术企业证书。