免疫沉淀和质谱分析即免疫沉淀与质谱联合分析（Immunoprecipitation and Mass Spectrometry，IP-MS），其将免疫沉淀获得的靶蛋白进行后续质谱分析，对靶蛋白进行定性研究，以确认目标蛋白与预期靶标的特异性相互作用。IP-MS分析首先根据目标蛋白选择候选细胞系模型来表达感兴趣的靶蛋白，然后提取细胞裂解物中的靶蛋白进行优化的免疫沉淀实验，zuì后将处理所得的IP洗脱样本并采用质谱法分析，并通过自定义的生物信息学分析软件处理所得的 MS数据集。因此，通过免疫沉淀和质谱分析，我们可以得知是否存在与目标蛋白相互作用的靶蛋白以及该靶蛋白的种类和丰度等。
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