企业在获得高新技术企业资格后，高企认定机构，在其资格有效期内应每年5月底前通过“高新技术企业认定管理工作网”，报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。有经验的代理机构，了解高新技术企业申报每一个阶段的关键成功要素，可以为申请人提供合理且专业的建议。在申请过程中，需要准备的书件和资料等，代理机构都会帮助事先审查和补正，申报成功的可能性会更高。
高企认定工作指引指出企业创新能力评价体系中研究开发组织管理水平评分占比20%，合肥高企认定，这就要求企业在日常研发过程中对研发流程的梳理、管理制度的执行、奖励政策的体现都要明确规范。企业申报高企当年申请或转让的专利、知识产权不予计分，知识产权获得要有延续性，如企业所有知识产权获证的时间都是同一时间段，会被质疑为临时包装，不被认可或分数极低。
高企对企业的要求大约如下：不低于10%的研发人员，近三年研发费用不低于4% (营业额达到两亿以上的企业)或5% (营业额两亿以下的企业)，高企认定申报，近三年的年度审计报告，企业创新能力评价分在70分以上。企业在获得高新技术企业资格后，在其资格有效期内应每年5月底前通过“高新技术企业认定管理工作网”，报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。
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