非全日制档案收到后，应该及时办理存档。若发现档案未密封，需要向学校寻求将档案密封，然后才可以办理存档。未密封的档案将不被任何单位接收，拿在自己手中就是一份死档。密封完整的非全日制档案，需转交至档案存放单位或档案管理部门。
一般来说，档案会存放在具有档案管理权限的工作单位或者人才中心这类存档部门。
对于在大型国企或事业单位工作的在编人员，非全日制档案可存放于单位内，并与个人的人事档案合并，可以和单位的档案管理人员联系进行处理。
对于在私企工作或无工作的个人，前置学历档案，比如大专档案、中专档案，通常在人才中心存放，非全日制档案也可以存放到人才中心。个人可主动联系人才中心以确认存档事宜，了解清楚具体的要求和规定，办理档案合并。
非全日制档案存档时需要与个人的统招学历档案合并，而不能独立存档。若个人的统招学历档案已存放于人才中心，可以联系工作人员办理档案合并手续。
若个人手中持有所有学历档案，且并没有前置学历档案在人才市场存放，人才市场将拒绝办理档案合并存档手续。因此需要联系学校或者单位对档案进行审核再进行公对公存放。
总而言之，非全日制档案只有与之前的人事档案或学籍档案合并成一份完整的人事档案后，非全日制档案才能正常使用，发挥作用。